La construcción comenzó en el siglo XVI bajo Diego de Siloe, quien falleció en 1563 cuando apenas arrancaba. Juan de Maeda continuó los trabajos, elevando el primer cuerpo con decoración dórica y el arranque del segundo, con el arco de triunfo como elemento compositivo. Tras la paralización por el levantamiento morisco, Juan de Orea prosiguió el segundo cuerpo con pilastras jónicas, siendo sustituido por Ambrosio de Vico, quien completó este nivel y construyó dos más: el tercero, con grandes columnas corintias; y el cuarto, octogonal destinado a las campanas.
Hacia 1590, la estructura mostró signos alarmantes de inestabilidad. Un asiento de cimentación en el ángulo suroeste, provocado por las importantes cargas y la elección inadecuada del estrato para cimentar, generó grietas que obligaron a una intervención de emergencia en 1593. Juan de Minjares y Juan de la Vega diagnosticaron la situación, ejecutando una ambiciosa consolidación que supuso desmontar el cuerpo octogonal, cegar huecos, macizar escaleras y recalzar la cimentación mediante bataches. Los trabajos concluyeron en 1602.