El proyecto de Siloe responde a la creación de un conjunto catedralicio conformado por dos espacios principales: la Capilla-Panteón y la Basílica. El arquitecto burgalés establece una oposición figurativa entre las dos partes del edificio, teniendo en cuenta sus diferentes funciones. Para ello, elige el orden corintio “propio de los edificios resurreccionales” para la rotonda, en contraste con el de tipo compuesto que emplea en el resto del templo, debido a su dedicación a la Virgen. Así mismo, opta por una cúpula con estrellas doradas sobre fondo azul frente al tono blanco de las naves de la basílica, rasgos cromáticos que también se extrapolan en riqueza o austeridad a las vidrieras, según su ubicación en la cabecera o cuerpo de la iglesia. Probablemente, estas pinturas azules se cubrieron con un enlucido blanco preparando la superficie para el dorado de la capilla en 1612. Las referencias eucarísticas y sepulcrales del altar mayor inspiran el hilo argumental en torno al cuerpo místico de Cristo de las esculturas, las pinturas y las vidrieras de la capilla.
