Tras la conquista de la ciudad, el inmueble fue convertido en palacio municipal en 1500. A partir de entonces, sufrió varias reformas entre las que destaca la construcción del Salón de Caballeros XXIV (1501-1521) y la conversión del edificio en un auténtico palacio municipal en pleno siglo XVIII. En 1861 fue enajenado y adquirido por particulares con motivo del traslado del cabildo a otro lugar.
La declaración de la Madraza como monumento histórico-artístico en 1922 y su adquisición por el Ayuntamiento en 1939 marcaron una nueva etapa. Posteriormente, el edificio pasó a depender de la Universidad de Granada convirtiéndose en uno de sus equipamientos más representativos.