Adaptación como Sala de conferencias. 2005
Poco se conoce de los orígenes de esta ermita ubicada en el segundo recinto de la Alcazaba vieja de Almería, aunque por su advocación dedicada a San Juan, la primera consagración del espacio pudo deberse a los Reyes Católicos tras la conquista de la ciudad. En época medieval, es posible documentar la existencia del inmueble gracias al Libro de Cuentas Árabe, donde se recogen las notas de gastos de los últimos años de la administración nazarí en el recinto fortificado.
Tras la conquista de la ciudad, la primera noticia que se tiene de la Ermita de San Juan data de 1523, periodo en el que requirió reparos en su estructura, debido al terremoto que asoló Almería un año antes. Por entonces, el edificio era muy humilde y estaba vinculado a los frailes del Convento de San Francisco. En 1558 se decidió equiparlo con un pequeño retablo acompañado por sendas imágenes de la Virgen y el Crucificado.